Çenelerin birbiriyle ilişkilerinin uyumlu olmadığı durumlarda iskeletsel bozukluklar meydana gelir. Örneğin, alt çenenin ileride olduğu durumlarda, alt dişler üst dişlerin önünde olacağı için hastalar ısırmada zorluk çekebilirler. Bu vakaları ortodontide Sınıf III malokluzyon olarak tanımlarız. İskelet yapısı olarak üst çene normal ama alt çene ileride, alt çene normal ama üst çene geride ya da üst çene geride, alt çene ileride olabilir. İskeletsel bozukluğun çok şiddetli olduğu durumlarda, dışarıdan bakıldığında kolaylıkla fark edilebilir. Bazı durumlarda bireyler iskeletsel bozukluğun farkına vararak hekimlere başvururlar. Bu tarz kapanış bozukluklarının altında yatan pek çok sebep vardır. Çoğu genetik kökenli olabildiği gibi çevresel faktörlere bağlı da oluşmaktadır. Özellikle Sınıf III malokluzyonların altında yatan genetik faktör çok önemlidir. Bu vakalarda tedavi bitse bile koruyucu önlemlerin en fazla düzeyde alınması gereklidir. Çevresel faktörlerden kastettiğimiz ise bireylerin ağız solunumu yapması, alt çenenin önde tutulmasının büyüme gelişim devam ederken alışkanlık haline getirilmesi, alt dudak emme, dil itimi vb. alışkanlıkların olmasıdır. Büyüme ve gelişim dönemi devam eden bireylerde bu anomali tespit edildiğinde mutlaka bir ortodontiste danışılmalıdır. Etken faktörler varsa öncelikle bu etkenler ortadan kaldırılmalıdır.
Üst çenenin geride olduğu vakalara genellikle üst çenede darlık eşlik etmektedir. Büyüme ve gelişimin devam ettiği durumlarda, öncelikle üst çenenin genişletilmesiyle tedaviye başlanır. Genişletme plakları (damaklık) bazen takıp çıkartmalı bazen de dişlerin üzerine yapıştırılarak sabitlenmektedir. Üst çenede genişletme protokolü iki şekildedir. Bazı vakalarda yavaş genişletme dediğimiz haftada iki tur genişletme yaparak, bazı vakalarda hızlı (rapid) genişletme dediğimiz 1 hafta süreyle günde iki tur genişletme yaparak tedaviye başlarız. Plakların hangi şekilde kullanılacağına ve genişletme protokolüne damaktaki darlığın şiddetine göre karar verilmektedir.
Büyüme ve gelişim dönemi devam ederken, erken dönemde bu tarz iskletesel bozuklukların tedavi edilmesi oldukça kolaydır. Ancak erişkin dönemde çok ciddi iskeletsel bozuklukları ancak ortognatik cerrahi dediğimiz cerrahi ve ortodontik tedavinin beraber yürütüldüğü tedavi prosedürleriyle tedavi edilmektedir.
Üst çenenin geride, alt çenenin ileride olduğu durumlarda, çeneleri normal ilişkiye getirmek için büyüme ve gelişimin devam ettiği dönemde ağız dışı apareylerden destek alınır. Yüz maskesi alın ve çene ucundan destek alır, yüz maskesine üst çeneden lastikler yardımıyla verilen kuvvetle üst çenenin öne büyümesi stimule edilir. Aynı zamanda yüz maskesi alt çenenin öne doğru daha fazla büyümesine engel olur.
Alt çenenin önde olduğu ve ileri yönde büyümesinin engellenmek istendiği zamanlarda ise çenelik dediğimiz çene ucu ve kafa kubbesinden destek alan ağız dışı aygıtlardan faydalanılmaktadır. Çenelik alt çenenin öne doğru büyümesini frenler.